Pendant la Seconde Guerre mondiale, le jeune Mahito Maki subit une tragédie familiale déchirante. Peu après, il doit déménager à la campagne, où son père travaille dans une usine qui fabrique des avions pour l'armée japonaise. Mahito commence à explorer les paysages mystérieux en toute solitude. Il rencontre un héron cendré qui s'obstine à le suivre et tombe sur une tour abandonnée dans laquelle il pénètre, intrigué. Un monde imaginaire merveilleux et étonnant s'ouvre alors à lui.
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